St. Nikolai
Die Nikolaikirche ist ein für die Region typischer Hallenbau nach westfälischem Stil, in deren Baukern noch spätromantische Züge erkennbar sind. Sie wurde erstmals am 4. Mai 1260 urkundlich erwähnt. Bis zur ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts wurde sie um den Westturm, einen erhöhten, eingesetzten Chor im Osten und die Gerberkapelle erweitert. Eine Besonderheit ist die enge Einbindung in das mittelalterliche Straßengefüge. So gibt es eine Straßenunterführung des Chores – der sogenannte Schwibbogen.Dieser ist verziert mit dem Bildnis von dem Heiligen Nikolaus, Namensgeber der Kirche
Chrakteristisch für die Nikolaikirche ist der 1755 gebaute Altstädter Born, ein Brunnenhaus welches im Krieg zerstört und später wieder aufgebaut wurde
Im Zweiten Weltkrieg wurde die Kirche nahezu vollständig zerstört. Nach dem Wiederaufbau, der bis 1994 andauerte, entstanden im Dachgeschoss auf drei Etagen Wohneinheiten. Das Zeltdach wurde bereits in den 80er Jahren mit der finaziellen Unterstützung der skandinavischn Partnerkirchen wiedererrichtet.Trotzdem trägt St. Nikolai das bescheidenstes Dach aller Zeiten.
Betritt man die Kirche, so kann man die Folgen des letzten Krieges noch gut erkennen. Zwar wurde die Rekonstruktion der Kirchenhalle 1994 abgeschlossen, aber von der einstreichen Innenausstattung sind nur noch einzelne Spurenvorhanden. So befindet sich der Altar der Nikolaikirche seit dem 2.Weltkrieg in der Marienkirche.
Heiligen-Geist-Kirche
Mit der Expansion der Stadt gen Westen und der Enstehung der Kröperliner Tor Vorstadt, als Arbeitersiedlung, wurde eine neue Kirche benötig. So enstand bis 1907 die Heiligen-Geist-Kirche, nachdem im 1905 die Grenzen der Kirchgemeinden in Rostock neu angepasst worden waren. Es entstand ein Kirchbau im neogotischen Stil für den sich der übecker Architekt Johannes A. Vollmer verantwortlich zeigte. Den Namen erhielt die Kirche nach ihrer Lage auf dem Heiligengeistfeld, welches früher dem Heiligengeisthospital gehörte. Die Heiligen Geist Kirche war der erste Kirchenneubau der Hansestadt seit dem Mittelalter.
Christuskirche
Die Christuskirche, deren Dach und Helm mit unterschiedlich farbige Ziegel gedeckt war, wurde 1908 für die katholische Gemeinde des überwiegend evangelischen Rostock gebaut.
Auch sie wurde im Krieg stark beschädigt. Bei der Bombardierung 1942 kamen sogar 7 Menschen im Inneren des Sakralbaus um, sie hatten in ihm Schutz gesucht, bevor er getroffen wurde.
1945-47 begann der Wiederaufbau unter der Federführung von Walter Baresel, hierbei wurde die Kirchtumspitze durch eine bedeutend kleineren Helm ersetzt.
1971 wurde die Christuskirche aufgrund der geplanten Trassenführung zur Gehlsdorfer Warnowbrücke gesprengt. Letztendlich wurde diese aber nicht gebaut und wieder ging ein Kirchenbau Rostocks für immer verloren.
Kirche des Klosters zum Heiligen Kreuz (Universitätskirche)
Die unmittelbar hinter dem Hauptgebäude liegende Universitätskirche gehörte früher zum benachbarten “Kloster zum Heiligen Kreuz”, welches im 13.Jahrhundert von der dänischen Königin Magarete gestiftet wurde.